昭和60年に「名水百選」が選定されてから20年以上が経過し、社会情勢の変化により、健全な水循環がもたらす恩恵と人間社会の営みの共生や、水のある暮らしや風景の復権が強く求められるようになってきた。
このため、水環境保全の一層の推進を図ることを目的に、地域の生活に溶け込んでいる清澄な水や水環境の中で、特に地域住民による主体的かつ持続的な水環境の保全活動が行われているものを、「名水百選」（昭和の名水百選）に加え、「平成の名水百選」」として選定が行われた。
選定に当たっては、「平成の名水百選調査検討委員会」（委員長　岡田光正広島大学大学院教授）において、以下の評価軸に基づき選定作業が行われ、推薦のあった162の湧水等の中から100箇所が選定された。